Jonathan Núñez é um futebolista profissional de HON e tem actualmente 24 anos. Está inscrito no Lobos UPNFM e usa a camisola número 8. Ao nível internacional, representa Honduras Sub-23. A sua principal função em campo é Médio. A sua avaliação de mercado estimada está actualmente em 250K .

A sua transferência mais recente levou-o para Lobos UPNFM, vindo de CD Motagua, através de , a 2026-07-01.

Em 2 presenças em Primeira Divisão Hondurenha 2025-2026, Jonathan Núñez contribuiu com 0 golos e 0 assistências, completou 0 passes-chave em 0 passes totais e registou uma precisão de passe de -.